揭示血统与癌症之间联系的新软件

冷泉港实验室 (CSHL) 的新研究表明，追踪癌症的起源可能是开发更好的治疗方法和早期检测方法的关键。

CSHL 研究教授 Alexander Krasnitz 和博士后研究员 Pascal Belleau 开发了一种软件，可以从 DNA 和 RNA 样本中准确推断出癌性肿瘤的起源。通过这样做，他们希望帮助临床医生为癌症患者开发个性化治疗方法。

该团队使用从已知背景的癌变基因组和无关的无癌基因组创建的混合 DNA 图谱来训练他们的软件。然后，他们测试了该软件针对具有已知血统的患者的胰腺癌、卵巢癌、乳腺癌和血癌标本的性能。该软件能够以超过 95% 的准确率将杂交种群与大陆种群相匹配。

Krasnitz 和 Belleau 现在正致力于在未知血统的样本上测试该软件，以揭示祖先的混合物并实现更多的区域特异性。这可以帮助研究人员确定更多可能易患某些类型的癌症或其他侵袭性疾病的局部祖先群体，从而使他们能够针对基因组的特定部分进行治疗。

“如果我们能够识别出更多易患不同癌症或其他侵袭性疾病的局部血统，它可以帮助我们查明负责的基因组的特定部分并将其作为治疗目标，”Belleau 说。

研究人员还与 Northwell Health 和 SUNY Downstate 医疗中心合作开展一项研究，探索结直肠癌如何在不同种族或民族中以不同方式突变基因。他们希望进一步改进他们的软件，使其能够推断出基因组中单个序列的祖先。

“为什么不同种族和民族的人患不同类型癌症的比率不同?” 克拉斯尼茨说。“他们有不同的习惯、生活条件、暴露——各种社会和环境因素。但也可能有遗传因素。” 通过了解这种遗传成分，研究人员希望改善所有血统人群的癌症诊断和治疗。

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